1. โปรแกรมอาเซียนศึกษา (ASEAN Study Programme)มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมการมีปฏิสัมพันธ์ อัตลักษณ์ และความร่วมมือระดับอุดมศึกษา โปรแกรมอาเซียนศึกษามีลักษณะสหวิทยาว่าด้วยการพัฒนาอาเซียน และระบบธรรมาภิบาลภายใต้การเปลี่ยนแปลงของโลกอย่าง
2. การประชุมด้านการศึกษาของ AUNและการแข่งขันพูดของเยาวชน (AUN Education Forum and Young Speakers Contest) มีวัตถุประสงค์คือเพื่อเปิดโอกาสในนักศึกษาอาเซียนแบ่งปันและรับความรู้ ค่านิยมและทัศนคติระหว่างกัน เพื่อจัดหาเวทีให้เยาวชนอาเซียนได้แสดงออกความคิดและทัศนคติเกี่ยวกับประเด็นปัญหาของอาเซียน และเสริมสร้างเครือข่ายมิตรภาพของเยาวชนกิจกรรมทั้งสองจัดขึ้นพร้อมกันเป็นระยะเวลา 2สัปดาห์ โดยมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิกจัดส่งนักศึกษา 2คน พร้อมอาจารย์ 1คน
สำหรับกิจกรรมที่จัดประกอบด้วยการแข่งขันกล่าวสุนทรพจน์ การประชุมเชิงปฏิบัติการและการนำเสนอในหัวข้อที่เป็นประเด็นปัญหาของอาเซียน การศึกษาดูงาน และกิจกรรมด้านวัฒนธรรม
3. การประชุมด้านวัฒนธรรมของเยาวชนอาเซียน (ASEAN Youth Cultural Forum)เป็นกิจกรรมที่ริเริ่มโดย De La Selle University เมื่อเดือนมีนาคม 2546ภายใต้หัวข้อ “Culture as a way of fostering regional solidarity and identity” เพื่อเปิดโอกาสให้เยาวชนอาเซียนที่มีความสามารถด้านการเต้นรำ ดนตรี และร้องเพลงได้แสดงออก และสร้างเครือข่ายเยาวชน โดยมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก AUNจัดส่งนักศึกษา 5 คนพร้อมอาจารย์ 1คน เข้าร่วมกิจกรรมซึ่งประกอบด้วย การบรรยายเกี่ยวกับดนตรี การร้องเพลง และการเต้นรำ การประชุมเชิงปฏิบัติการ การแสดงทางวัฒนธรรม และการศึกษาดูงานด้านวัฒนธรรม
4. โครงการแลกเปลี่ยนนักเรียน (AUN Student Exchange Programme) เป็นโครงการที่มอบทุนแก่นักศึกษาของมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก AUNไปศึกษาในมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก เป็นเวลา 1 ภาคการศึกษา หรือ 1ปีการศึกษาในสาขาภาษา ศาสนา การศึกษาข้ามวัฒนธรรมฯลฯ ทั้งนี้เพื่อเป็นการส่งเสริมการเคลื่อนย้ายนักศึกษาในภูมิภาค สร้างปฏิสัมพันธ์ระหว่างกัน รวมทั้งส่งเสริมความร่วมมือและสร้างเครือข่ายระหว่างผู้เชี่ยวชาญ นักวิชาการและนักเรียนในอาเซียน
5. โครงการแลกเปลี่ยนคณาจารย์/ผู้เชี่ยวชาญของ AUN (AUN Distinguished Scholars Programme) เป็นโครงการที่เริ่มตั้งแต่ปี 2543ภายใต้การสนับสนุนของ the United Nations Development Programme (UNDP)และมูลนิธิอาเซียน มีชื่อว่าDistinguished Professor Programme โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมการเคลื่อนย้ายและสร้างเครือข่ายระหว่างคณาจารย์/ผู้เชี่ยวชาญโดยเปิดโอกาสให้คณาจารย์ในมหาวิทยาลัยไปแลกเปลี่ยนการสอนในมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิกAUNเพื่อแลกเปลี่ยนความรู้ความชำนาญและประสบการณ์ และเพื่อส่งเสริมความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยที่เป็นผู้ส่งและผู้รับคณาจารย์/ผู้เชี่ยวชาญ ทั้งนี้คณาจารย์/ผู้เชี่ยวชาญ หรืออาจารย์มหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมโครงการจะบรรยาย เตรียมกิจกรรมให้ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ สาธิต รวมทั้งเป็นที่ปรึกษานักศึกษาในการทำวิจัย รวมทั้งร่วมพัฒนาหลักสูตรการเรียนการสอน โดยมหาวิทยาลัยที่เป็นผู้ส่งผู้เชี่ยวชาญ/อาจารย์จะรับผิดชอบค่าเครื่องบิน ค่าภาษีสนามบิน และค่าประกันสุขภาพ ส่วนมหาวิทยาลัยผู้รับจะรับผิดชอบค่าเดินทางในประเทศ ค่าที่พัก และค่าอาหาร
6. ความร่วมมือด้านการวิจัย (Collaborative Research) เป็นโครงการที่ริเริ่มเมื่อปี 2543โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมความร่วมมือด้านการทำวิจัยในอาเซียนเพื่อหาข้อสรุปในประเด็นที่เป็นปัญหาของภูมิภาคและสนับสนุนการตัดสินใจในสาขาที่ที่ประชุมสุดยอดอาเซียนให้ความสำคัญ 2547 และได้จัดพิมพ์ และเผยแพร่ไปยังมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก และหน่วยงานอาเซียนรายสาขาที่เกี่ยวข้อง
7. การสร้างเครือข่ายสารสนเทศของ AUN (AUN Information Networking) AUN ได้ดำเนินการอย่างต่อเนื่องในการสร้างเครือข่ายระหว่างสมาชิกนับแต่ 2540เพื่ออำนวยความสะดวกในการเผยแพร่และความร่วมมือระหว่างสมาชิกและเพื่อสร้างและพัฒนาระบบแลกเปลี่ยนข้อมูลออนไลน์ในมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก โดยในระยะแรก AUNได้ใช้โฮมเพจที่http://www.aun.chula.ac.th และต่อมาได้เปลี่ยนเป็น http://www.aun-sec.org ทั้งนี้ มหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก AUN มีเครือข่ายห้องสมุดออนไลน์ เพื่อแบ่งปันทรัพยากรดิจิตอลอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ ความคิดริเริ่มดังกล่าวเริ่มตั้งแต่เดือนกันยายน 2545 ด้วยการแต่งตั้งคณะทำงานว่าด้วยห้องสมุดออนไลน์ของ AUN (AUN Inter-Library Online Working Committee) โดยคณะทำงานดังกล่าวมีการประชุมมาแล้ว 6ครั้ง
8. การประกันคุณภาพการศึกษาของ AUN (AUN Quality Assurance – AUN-QA) มีวัตถุ(AUN-QA Criteria)ประสงค์เพื่อส่งเสริมการพัฒนาระบบการประกันคุณภาพการศึกษาในฐานะเป็นเครื่องมือเพื่อการรักษาและปรับปรุงการวิจัยด้านการสอน และมาตรฐานทางวิชาการของมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิกของAUN
9. เครือข่ายบัณฑิตสาขาธุรกิจและเศรษฐศาสตร์ของ AUN (AUN Graduate Business and Economics Programme Network (AGBEP Network) เป็นเครือข่ายย่อยของ AUNให้ความสำคัญในการสร้างความร่วมมือระหว่างบัณฑิตในสาขาธุรกิจและเศรษฐศาสตร์ของมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิก AUN โดยมีวัตถุประสงค์ในการพัฒนาคุณภาพของบัณฑิตในสาขาดังกล่าวที่จัดสอนในมหาวิทยาลัยสมาชิก AUN กิจกรรมที่จัดขึ้นประกอบด้วย โครงการแลกเปลี่ยนนักเรียนและคณาจารย์ หนังสือวารสารวิจัยด้านธุรกิจและเศรษฐศาสตร์ การประชุมประจำปีของเครือข่ายจำนวน 6 ครั้ง ที่อินโดนีเซีย (กันยายน 2543)มาเลเซีย (พฤศจิกายน 2544) สิงคโปร์ (พฤศจิกายน 2545) บรูไน ดารุสซาลาม (มกราคม 2547) ฟิลิปปินส์(ธันวาคม 2547) และไทย (ธันวาคม 2548)การประชุมเครือข่าย AGBEP ประจำปี 2552 (15-16 มกราคม 2552) และประจำปี 2553 (18-19 มกราคม 2553)
10. การประชุมอธิการบดีของมหาวิทยาลัยเครือข่าย AUN (AUN Rectors’ Meeting)มีวัตถุประสงค์เพื่อประสานความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาระหว่างผู้บริหารระดับผู้กำหนดนโยบายของมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิกเครือข่ายมหาวิทยาลัยอาเซียน
